זנזיבר סיטי, בירת האי היא העיר הגדולה ביותר באי, השוכנת לחופו המערבי של זנזיבר. האתר החשוב ביותר בבירה הוא העיר העתיקה המכונה "סטון טאון" (Stone Town), שקיבלה את כינויה בשל המבנים המשונים בעיר, הבנויים מאבן עשויה אלמוגים.
בעברה סטון טאון הייתה למרכז מסחרי של הודים, שנכבשה בידי אירופאים וערבים, לאחר שקיבלה את עצמאותה התושבים נאלצו לעזוב, אך השפעתם נשארה, הן בארכיטקטורה, במאכלים ובתרבות. בשל ריבוי התרבויות בעיר וחשיבותה ההיסטורית, הוכרזה סטון טאון לאתר מורשת עולמית על-שם אונסק"ו.
כיאה לעיר עתיקה, גם פה הסמטאות צרות ומפותלות, כמו מעין מבוך ציורי, כאשר השיטוט ביניהם הוא חוויה בפני עצמה. שוטטו בין הגלריות והחנויות, בקרו בשווקים, תתרשמו מהארכיטקטורה והתרבויות השונות ותספגו את האווירה הייחודית.
מומלץ מאוד לבקר בשוק הלילה של זנזיבר, המתרחש בכל ערב. מקום מצוין להכיר את המטעמים הזנזיברים המצוינים. שוק האוכל שוכן ממש על החוף, בסמוך לקירות העיר העתיקה, בגני פורודהני.
בין המבנים המרשימים בעיר כדאי לראות:
בית הפלאים (House of Wonders) המבנה המוכר ביותר בעיר. בית הפלאים הוא הבניין הגבוה והגדול ביותר בעיר, והוא אחד מששת הארמונות שבנה הסולטאן ברע'ש בן סעיד. את שמו קיבל מכיוון שהיה המבנה הראשון בזנזיבר שחובר לחשמל, ובו נבנתה המעלית הראשונה במזרח אפריקה.
המבצר הישן (The Old Fort) שנבנה במשך 30 שנים, חומותיו עבות במיוחד ולכל אורכן סימני ירי. המבצר שהותקף פעמים רבות לאורך ההיסטוריה, מעולם לא נכבש. כיום המבצר משמש כמרכז תרבות עם מספר חנויות אמנים, ובחצר המבצר נערכים מופעי תיאטרון.
בית המדינה (State House), מבנה מרהיב שנבנה בשנת 1903, דוגמא מצוינת לשילוב הסגנון האירופאי והסגנון הערבי. כיום בית המדינה משמש כמשרדיו של נשיא זנזיבר.